暗黒軍―それは、他の民と一切の交流を
持たない『黒の民』が組織した軍隊である。
その主力となる『暗黒ゾイド』は、
デスニュームを用いた暗黒合成によって
誕生した。
暗黒軍は新たな指導者のもと、
『デスバベル計画』の実行へむけて動き
出していた。
新たな指導者の正体は、惑星ゾイドに
おける大戦でデスザウラーの覚醒を
指揮した科学者デモンであった。

白の民は、デスニュームを狙って襲い来る
暗黒軍に対抗するため、『緑の民』『青の民』
とともに連合軍を結成した。
ボウイたちZZ（ズィーズィー）トラッパー隊も
連合軍への参加を決めた。

暗黒軍は、デスバベル計画を実行するために、デザートショアの全デスニュームを手中に収めようとしていた。
その目的を果たすべく、全軍をあげての
出撃を開始した。
暗黒ゾイド『ヴァイコング』の猛攻の前に、
苦戦を強いられる連合軍であったが、
必死の反撃により、撃退に成功した。

連合軍と暗黒軍の攻防が決着してほど
なく、 白・緑・青の民の長老たちが、
秘かにデモンとの会談の場を設けていた。