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コマンド1号エリックと2号サミーは、エジプトから日本の青森県へ向かった。 亀ヶ岡遺跡に近い深い森の中、巨木に守られるように“遮光器土偶型カプセル”が佇み、その中にコマンド3号が眠っていた。サミーが3号のカプセルに向けてMX光線を照射する!! 石器のように朽ち苔がむした土偶型カプセルが光沢を帯びハッチが開く、コマンド3号の4人が目覚めた!! その時、東京にいるミクロマンから緊急連絡が入る、「アクロイヤー2に襲撃された、交戦中!! 」。
東京で別行動のミクロマンはロボットマン復活のため片貝研究所へ向っていた、その途中のことだ。 青森にいる6人は東京へと飛び立つ。